自2005年新建国家级自然保护区以来，戴云山保护区通过实施保护区基础设施建设、能力建设、自然与文化遗产保护工程等项目，在生物多样性保护、科研交流、科普宣教社区共建等方面取得了显著成效。一是生物多样性有效保护。建立健全了管理局-管理所-检查哨卡三级管护架构，配备锻造了一只精干、敬业、高效的管护队伍，保护能力有了质的提升，监测资料表明戴云山保护区的主要保护对象的栖息地自然状态良好，更新、演替过程正常，资源得到了有效保护。二是科研合作取得新成果。搭建起了两岸生物多样性与森林保护文化研讨会平台，厦门大学、福建农林大学等在保护区建立了科研教学基地，与两岸30多个科研机构、高等院校建立了科研合作关系，承担国家、省、市8个科研项目，获省科技进步三等奖一项，出版了《戴云山蝴蝶图鉴》著作，使戴云山自然保护区成为专家学者研究生态、动植物、自然保护区管理等学科的重要基地。三是科普宣教能力逐步提高。获评全国科普教育基地、福建省生态文明教育基地、泉州生态环境教育基地，规划建设生态科技馆，九仙山“梦幻九仙”环境教育基地、后宅“峡谷探秘”自然体验区和上寨“寨上家园”生态感悟区等不同主题内容的生态科普教育基地，推行生态科技馆“公众开放日”和参访预约制度，推动全社会爱护环境、保护生态、珍惜家园。四是社区关系得到明显改善。通过实施区内居民搬迁安置、区内交通设施改造、经济林种植补助、林下经济发展扶持等措施，使保护区生态保护与乡村经济工作和谐发展，融合了保护区与社区居民的关系，缓和了自然保护工作中的一些矛盾，构建了保护区和谐的保护与利用关系。